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稻瘟病菌是一個種，在種的內部存在著生理性狀不同的類群，即生理分化現象，表現為對不同品種的致病力不同，這些不同的類群即為生理小種。

不同小種對不同水稻品種具有不同的致病力。小種類型和區系分布是影響品種在不同地區產生抗性差異的重要原因。當某一地區存在著對某一品種致病性強的小種時，經過病菌增殖，如氣候條件適宜，就會導致該品種稻瘟病的發生。

抗病品種種植幾年后，由于稻瘟病菌的變異，產生新的對該品種有致病力的生理小種，或原有對其有致病力的生理小種數量上升，成為優勢小種，就會造成該品種的嚴重發病，使其抗性喪失。因此，生產上要防止大面積種植單一品種，做到品種合理布局，并不斷更新抗病品種。

利用水稻品種多樣性混栽控制稻瘟病技術規程如下：

品種選配根據水稻品種抗性遺傳背景、農藝性狀、經濟性狀、當地栽培條件及農戶種植習慣等進行品種選配。品種間抗性遺傳背景的選配技術參數為相似性小于75％ 以下； 農藝性狀選配原則是矮稈品種和高稈品種搭配，品種組合成熟期基本一致，前后不超過10天左右；經濟性狀的選配原則是高產品種和優質品種的搭配，滿足農民對高產和優質的需求，充分體現經濟效益互補的原則。

栽培管理水稻品種多樣性優化種植的方式是在傳統栽培的基礎上，每隔 4-6行高產抗病的秧苗中間多增加1 行傳統優質稻。不同的品種可同時移栽，也可在主栽品種移栽后1-3天，補栽間栽品種。田間肥水管理按常規高產措施進行，認真做好病蟲監測，葉瘟不使用農藥，穗瘟必要時用三環唑防治1次。